交通管理工程系内设机构有交通秩序管理、交通事故防范与处理、车辆与驾驶人管理、交通组织与控制四个教研室、综合室和学员支队，另设有道路交通安全研究所。

交通管理工程系党总支下设教工党支部和学员党支部。